Os Programas de Cooperação Territorial (CTE) colaboram com as metas definidas pelo European Green Deal, assumidas pela União Europeia (UE), não esquecendo também o desenvolvimento da transição digital. 

Com o novo período de execução dos novos programas CTE que têm, pela primeira vez, espaço para apoiar iniciativas centradas no desenvolvimento de uma Europa mais social e mais inclusiva, nomeadamente atividades que promovam a saúde pública, bem-estar social, a formação e emprego, vão canalizar 139 milhões de euros para Portugal.

Atualmente, Portugal faz parte de programas de Cooperação Fronteiriça (Programa Transfronteiriço Espanha-Portugal – POCTEP), Cooperação Transnacional (Programa para a região Atlântica;  Programa de Parceria EuroMediterranica – EuroMED;  Programa para o Sudoeste Europeu – SUDOE; Programa Next Bacia do Mar Mediterrânico – NEXT MED; Programa Next Atlântico Médio), Cooperação Interregional (Programa Interreg Europe; Programa Urbact; Programa ESPON 2030; Programa Interact) e Cooperação das Regiões Ultraperiféricas (Programa Madeira-Açores-Canárias – MAC).